При моделировании я склонен мыслить в терминах создания диаграмм в любом порядке, который имеет для меня наибольшее значение в то время. Иногда это сначала диаграмма классов, иногда диаграмма отношений сущностей, иногда даже диаграмма последовательности. Главное, что нужно помнить, это то, что вы пытаетесь понять вещи и записать их, чтобы другие люди могли их понять; беспокоиться о том, каков наилучший способ упорядочить свои мысли, далеко не так полезно, как просто взяться за дело и написать те части, которые вы делаете понимаете.
[РЕДАКТИРОВАТЬ]: FWIW, я также, как правило, начинаю свое моделирование на бумаге или белой доске и переключаюсь на использование компьютера только тогда, когда я подхожу ближе к тому, что понимаю. (Полагаю, я просто не люблю рисовать на компьютерах.) Главное в том, что моделирование - это понимание, а не (очень) о компьютерах.