Когда пользователь получает доступ к веб-странице, работающей на вашем сервере (странно, что веб-сервер работает под Vista - это среда разработки?), Программное обеспечение веб-сервера (Microsoft Internet Information Systems или IIS) отвечает на этот запрос: запуск процесса (в вашем случае PHP). В Windows все процессы должны выполняться под учетной записью пользователя. В приведенных выше примерах кода подробно описывается, как дать разрешение учетной записи пользователя IIS для запуска Microsoft Word.
Инструкции по запуску Word просто устраняют неполадки - убедитесь, что пользователь, который запускает Word в ответ на запросы веб-страниц, действительно может запустить Word.
Код загружает COM-сервер, который обеспечивает функциональность Microsoft Word, добавляет текст и сохраняет документ. Инструкции ранее были необходимы, поскольку на веб-сервере будет работать интерпретатор PHP под учетной записью пользователя IIS, а PHP запускает сервер Word COM, пользователю IIS необходимо предоставить разрешения для запуска объекта COM.
Что касается вопроса о последствиях, я не думаю, что есть какие-либо последствия для безопасности, если вы должным образом санируете и проверяете пользовательский ввод - использование Word мало что меняет в плане безопасности. Тем не менее, у вас есть потенциально ОГРОМНОЕ ограничение производительности. Для загрузки COM-сервера Word может потребоваться много времени, и если между запросами к вашей веб-странице возникает перерыв, COM-система может выгрузить COM-сервер Word, в результате чего он полностью перезагружается при следующем запросе.