Если под «скрытыми» веб-сайтами вы имеете в виду контроль доступа, то, похоже, вам нужно обернуть какую-то безопасность, которую вы контролируете, в сайты. Это может быть достигнуто несколькими различными способами:
1.) Создание собственного собственного механизма аутентификации
2.) Использование членства в ASP.NET (при условии, что вы являетесь клиентом .Net)
Если вы хотите закодировать что-либо, вы можете:
3.) Установка определенных разрешений в IIS (в разделе Аутентификация и контроль доступа)