Латекс генерирует временные файлы в каталоге, где находится основной документ. Если вы хотите, чтобы содержимое было размещено в другом месте, попробуйте использовать основной файл, как показано ниже.
\documentclass{article}
\input{src/maindocument.tex}
Используя этот метод, вы можете сохранить структуру каталогов, как показано ниже
/
main.tex
/src
maindocument.tex