Я столкнулся с подобной проблемой, используя homebrew на Mac.
Вот код, который добивается цели, небольшое расширение инструкций по установке Nokogiri для домашнего приготовления. По сути, вам нужно включить директиву, чтобы сказать nokogiri, использовать доморощенные каталоги libxml. Убедитесь, что вы указали правильную версию libxml2, установленную homebrew, которая для меня была 2.7.8:
brew install libxml2
brew link libxml2 #this may be enough but didn't work for me with rvm
#explicitly tell nokogiri to use you homebrew libxml2 rather than system
gem install nokogiri -- --with-xml2-include=/usr/local/Cellar/libxml2/2.7.8/include/libxml2 --with-xml2-lib=/usr/local/Cellar/libxml2/2.7.8/lib --with-xslt-dir=/usr/local/Cellar/libxslt/1.1.26