Можно использовать механизм обновления eclipse. В этом случае пользователь просто обновит, как в eclipse ide, используя help-> update software. Я еще не использовал его сам, но я посетил учебник от kai tödter, просто Google "eclipse rcp adanced kai tödter", и вы найдете некоторые вещи, например, слайды, где он объясняет обновленный механизм, а также пример проекта «MP3 Manager», где вы можете найти пример