Если в вашем приложении есть окно с уникальным именем класса, вы можете просто отправить ему WM_CLOSE / WM_QUIT или любое другое сообщение, которое вам нужно.
Или ваше приложение может зарегистрировать COM-объект локального сервера, который может вызвать деинсталлятор (системный плагин может вызывать методы COM)
Еще один способ сделать это для программы - создать именованное событие и ждать его, деинсталлятор сообщит об этом, это будет подсказка для выхода программы.
В крайнем случае вы можете убить процесс с помощью одного из нескольких плагинов: KillProcDLL , Плагин процессов , Плагин KillProc и NsProcess
Кроме того, плагин Locked List может быть лучшей альтернативой.