Вы можете удалить (не svn delete, а системное удаление) ветки на локальном компьютере, и сервер Subversion ничего не узнает.
Чтобы уточнить, это будет удаление папки самого высокого уровня. После этого вы можете перезагружать именно то, что вам нужно.