Вы можете передать запрос последовательности DAS в сценарий Perl, который анализирует элемент XML, содержащий последовательность.
Например, ниже приведен запрос curl сервера DAS UCSC, отбрасывающий стандартную ошибку, переданную в parseSeq.pl:
$ curl http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg19/dna?segment=1:10000,10999 2>/dev/null | parseSeq.pl
Вывод curl будет XML-документом, содержащим 1000-основную последовательность ДНК из сборки hg19 генома человека. Запрос запрашивает от 10000 до 10999 (помните, что UCSC на основе *1013*) от первой хромосомы. XML будет включать в себя некоторые другие вещи, полезные для регистрации и проверки ошибок.
После передачи XML в сценарий Perl, вы можете использовать модуль Perl XML :: Simple , чтобы быстро разобрать то, что вам нужно.
Чтобы помочь вам начать работу, ваш файл parseSeq.pl может начинаться с:
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use XML::Simple;
use Data::Dumper;
my $xml = new XML::Simple;
my $ref = $xml->XMLin('-');
print Dumper $ref;
Вывод этого должен дать вам достаточно начала, чтобы вытянуть последовательность ДНК из $ref.