Я не думаю, что это возможно.
С другой стороны, довольно просто создать «фарфоровый» скрипт, который анализирует ваш gitosis.conf на наличие специальных комментариев, кодирующих значения conf.
Тогда помещение такого скрипта в хук post-commit должно помочь.