Максимальный размер загрузки для веб-приложения составляет 50 МБ, будет ли он таким же для семейств сайтов под этим веб-приложением?
Да, этот параметр предназначен для веб-приложения, а семейство сайтов является частью веб-приложения.
Ссылка: http://technet.microsoft.com/en-us/library/cc288157.aspx