Firefox для Linux показывает вспышку поверх всего. Regardles wmode или z-index.
EDIT:
Я только что узнал, что проблема Linux, описанная выше, может быть "исправлена".
Вам нужно добавить iframe с z-index между swf и слоем, который вы хотите поместить поверх него. У iframe изначально должно быть style = "display: none", и вы должны использовать javascript для установки display: block на него после инициализации флэш-плагина. Iframe скроет все swfs, которые находятся под ним в Linux.