Файл CSS и Javascript работают в тандоме. Если вы включите одно без другого, у вас не будет «все правильно сначала», у вас будет какой-то ужасный беспорядок, из-за которого некоторые необходимых шагов для работы sIFR происходят, а некоторые нет.
Кажется, это то, что здесь происходит - Javascript динамически помечает определенные элементы div и т. Д. И корректирует то, что может, затем правила CSS включаются в эти измененные объекты и форматируют их соответствующим образом. Без CSS у вас будут искаженные сущности, висящие потенциально повсюду - это действительно то, что вы видите.
Так что никаких проблем здесь нет, кроме того факта, что вы решили изобрести собственную неполную процедуру развертывания. ; -)