У меня была похожая проблема ... попробуйте настроить таргетинг на полную версию .NET 4 Framework, а не на профиль клиента.
Насколько я понимаю, System.Web находится в .NET 4, но не в .NET 4 Client Profile. Таким образом, для ваших сборок, в которых вы используете преимущества полной Ninject, скомпилированной с 3.5 sp1, вам нужно будет убедиться, что они не нацелены на .NET 4 Client Profile, а на полный .NET 4 профиль для зависимости от System.Web быть удовлетворенным.