Я не уверен, что вы можете делать то, что ищете.
Когда точка выводит данный график, она рассматривает cluster_1 как единый объект для ранжирования.Итак, если хотите, cluster_1 имеет ранг 0. Тогда, поскольку вы говорите, что {rank = same b, e}, e также имеет ранг 0. Когда точка рисует c, c будет иметь более высокий ранг - ранг 1 - поэтому она будет отрисовананиже эл.Поскольку в этой точке ему не нужно беспокоиться о пространстве на оси x, он рисует букву c прямо под буквой е.
Если вы хотите, чтобы узел c определенно отображался ниже всего остального, вы можете добавить
{ rank=sink c }
, который ... выглядит не так хорошо, как то, к чему вы стремитесь.