У меня тоже было такое же замешательство. Мой подход к этому таков.
Не указывайте тип сервера при создании проекта flex. В аргументах компилятора необходимо указать «-services» и «-context-root».
-services будет указывать на ваши services-config.xml. На это можно либо указать из рабочей области eclipse, либо скопировать и вставить все необходимые файлы конфигурации из папки flex в любое другое место и связать его оттуда. Это требуется только при компиляции проекта flex. Таким образом, он должен иметь те же пункты назначения, которые вы используете в своем проекте.
-context-root будет именем вашего приложения.
Это делает его общим. Вы можете использовать SWF на любом сервере.