Даже несмотря на то, что начальная кривая обучения выше, я большой поклонник использования WIX для создания установочных пакетов. Это не сложно и не пытается скрыть истинную природу пакетов установки Windows. Инструменты, которые пытаются скрыть истинную природу пакетов установки Windows, в конечном итоге заставят вас плакать.
В WIX у вас есть возможность создать установочный пакет "модуль слияния" или библиотеку WIX. Если вы не хотите использовать модуль слияния с другим средством создания установочного пакета, я бы порекомендовал последний. Гораздо проще включить пакет библиотеки WIX в более крупную установку.