Возможно, вы посмотрите на buildout .С помощью buildout вы можете иметь один файл setup.py для пакета и иметь несколько файлов конфигурации buildout, которые определяют различные способы сборки этого пакета из других пакетов, которые вы хотите иметь в одном и том же дистрибутиве (включая зависимости от версии).
Я думаю, что с помощью pip freeze, pip bundle вы также можете добиться чего-то похожего, но AFAIK только для версий пакетов (например, вы не можете установить и настроить сервер LDAP, но вы можете сделать это в buildout).