Насколько мне известно, нет, ejb3=true
в hbm2java
означает использование аннотаций EJB3 / Hibernate. Цитирование создания аннотированной ветки pojos на форумах Hibernate:
ejb3 означает использование аннотаций JPA и Hibernate; мы пытаемся сгенерировать все, что можем, с помощью JPA, но некоторые вещи требуют аннотаций гибернации.
Возможно, посмотрите на проблему Jira, но в текущем состоянии вы не можете.