Я использую TortoiseSVN 1.6.6 и слияние docx работает нормально.
Проверьте настройки SVN -> Diff Viewer -> Дополнительно ...
Существует таблица специальных программ типа MIME. Для docx я вижу "wscript.exe" C: \ Program Files \ TortoiseSVN \ Diff-Scripts \ diff-docx.js "% base% mine //E:javascript".