Это зависит от того, помечаете ли вы их как «приложения». Виртуальные каталоги приложений могут использовать разные рамки. Убедитесь, что вы связываете их с различными пулами приложений. Никогда не смешивайте две версии платформы .NET в одном пуле приложений.
Одно важное замечание: если вы создаете виртуальный каталог как приложение, вы не разделяете состояние сеанса и другие связанные с приложением объекты. Также Server.MapPath ("~") и другие связанные с ServerURL методы, свойства будут указывать на физический каталог виртуального каталога, а не на основной корень.