Вам не нужно нужно GL для объединения текстур. Просто сделайте математику на каждом текселе в C.
Теперь, если вы хотите использовать GL, вы захотите визуализировать текстуру от до (ваш окончательный результат).
Это делается с OES_framebuffer_object . Теперь то, как вы рисуете эту текстуру, полностью зависит от вас. Вы можете нарисовать 5 квадратов, каждый с одной текстурой, и использовать смешивание для их объединения (хотя вам нужно будет указать, какую математику вы хотите применить), вы можете использовать мультитекстурирование, чтобы выполнять работу за меньшее количество проходов (и использовать Текстура окружения, чтобы указать, как объединить).
Какую операцию выравнивания вы хотите?