Это зависит. Если вы храните отдельные данные на разных сайтах, вы должны использовать отдельные базы данных. Это намного быстрее и безопаснее, хотя и дороже. Вам также следует использовать отдельные базы данных, если вы хотите использовать одни и те же данные на сайтах, но ожидаете большой нагрузки. Однако в этом случае вам нужен способ синхронизации данных между сайтами. Если вы храните одни и те же данные и ваше приложение не критично по скорости, тогда может быть достаточно централизованного хранилища (но только опыт покажет, достаточно ли это быстро или нет).
Из того, что вы написали, я подозреваю, что первый случай верен (вы храните отдельные данные для каждого сайта), но я не уверен.
Изменить: Вы также можете спросить об этом при сбое сервера, там есть более опытные администраторы.