Нарисуйте цветную сферу из декартовых координат в Пимоле

Question

Я искал в вики, как преобразовать следующую информацию о бусах, декартовых координатах + энергии:

23,4 54,6 12,3 -123,5 54,5 23,1 9,45 -56,7 .......

для рисования в пимоле, который содержит для каждого атома сферу радиуса R с центром в его координатах и ​​цветом в градиенте радуги.

Спасибо

Answer 1

Имеет ли то, что вы делаете рендеринг, какое-либо отношение к молекулярной структуре (то есть, какова мотивация для использования PyMol)?

Если вы рисуете какую-то молекулярную структуру, я бы порекомендовал просто вывести специальный файл PDB с координатами сферы (вы можете использовать поле B-фактора для каждой строки ATOM как способ управления окраской для каждого атома в PyMol).

Если вы не рисуете молекулярную структуру, вам лучше использовать CGO-интерфейс PyMol.

Из документации PyMol:

сферы CGO генерируются Команда СФЕРА.

СФЕРА, x, y, z, d

где x, y, z - координаты центр сферы, а d - диаметр сфера. Обратите внимание, как команда COLOR используется для установки цвета сферы. Как и в случае с LINES, вам нужен только ЦВЕТ команда, когда цвет следующего изменяемая сфера меняется.

Простой пример:

from pymol.cgo import *
from pymol import cmd

spherelist = [
   COLOR,    0.100,    1.000,    0.000,
   SPHERE,   30.304,   30.407,   30.531,0.30,
   COLOR,    1.000,    0.000,    0.000,
   SPHERE,   30.250,   30.250,   30.250,0.20,
    ]

cmd.load_cgo(spherelist, 'segment',   1)