Они оба могут использоваться вместе без проблем (ок, почти нет).
Одна из проблем, с которой вы можете столкнуться, заключается в том, что некоторые значки наложения больше не отображаются. Это связано с тем, что в Windows имеется только около 12 слотов, доступных для значков наложения, и с установленными TortoiseSVN и TortoiseCVS они вместе используют более 12 доступных слотов.
См. Этот раздел часто задаваемых вопросов об этом:
Появляются значки наложения, но не все!
Однако TortoiseSVN создал общий обработчик оверлеев, который могут использовать другие клиенты Tortoise, чтобы избежать этой самой проблемы. TortoiseCVS теперь также использует этот общий обработчик, но он еще не включен в стабильную версию. Вы должны использовать нестабильную версию отсюда:
http://testpilot.tortoisecvs.org/
Использование TortoiseSVN 1.5.x и TortoiseCVS с сайта testpilot предоставит вам все оверлеи для рабочих копий как SVN, так и CVS.