Не то чтобы я пробовал эти команды, а по памяти:
ffmpeg -i %4d.jpg -r 10 -vcodec theora -i file.mp3 -acodec vorbis out.ogg
или
ffmpeg -i %4d.jpg -r 10 -vcodec h264 -i file.mp3 -acodec aac out.mkv
-r - частота кадров, 10 jpegs в секунду. В этих примерах также предполагается, что файлы JPEG нумеруются от 0001.jpg до 1000.jpg. При желании, если JPEG не нумеруются, вы можете попытаться передать по конвейеру, но я не уверен, что у ffmpeg есть анализатор ввода JPEG, например:
cat *.jpg | ffmpeg -vcodec jpegls -f image2pipe -i - [... rest of command after jpg input ...]
Обратите внимание, что ни один из этих примеров не указывает битрейт, размер вывода или что-либо еще, вы не упомянули их в своем вопросе, поэтому не уверены, что вам нужно. Для справки, вы, вероятно, захотите установить правильный битрейт (-b VALUE_IN_BYTES), размер (-s 1920x1080), количество аудиоканалов (-ac X), битрейт аудио (-ab XX), частоту (-ar XXXX) и т.д.