Зависит от алгоритма хеширования. Я могу создать один прямо сейчас, который возвращает два одинаковых хэша для обоих файлов.
Но поскольку вы специально спрашивали о SHA-1, тогда да, они будут совершенно другими.
SHA1("one two three") = a10600b129253b1aaaa860778bef2043ee40c715
SHA1("two three one") = 5b836799b259835e762c93964a68b958eb19461a