Вы можете создавать резервные копии файлов базы данных напрямую, но это может быть опасно, если база данных активно используется во время резервного копирования. Нет гарантии, что вы создадите непротиворечивую и действительную резервную копию, если запрос начнет изменять данные на диске. Вы можете получить сломанные таблицы.
Самый безопасный путь - использовать mysqldump для вывода набора операторов sql, которые могут полностью воссоздать базу данных (создание таблицы + данные) за один раз. Если вам нужно восстановить из резервной копии, вы можете просто вернуть этот файл дампа обратно в mysql:
mysqldump -p -u username nameofdatabase > backup.sql
и восстановление через:
mysql -p -u username nameofdatabase < backup.sql
Файл .sql - это просто дамп открытого текста всех запросов, необходимых для перестройки таблиц и их данных.