Я использую pydev + pylint.
С помощью pylint вы можете добавить, какие сообщения игнорировать, в разделе «Предпочтения»> «Pydev»> «Pylint»> «Aggruments для передачи на pylint».
--disable-msg=W0232,F0401
Вы можете игнорировать сообщения как в строке, так и с комментариями:
os.symlink(target, symlink) # IGNORE:<MessageID>
Наведите курсор мыши на «x», где номера строк, чтобы увидеть идентификатор сообщения.