Я не уверен, что вы просите. Вы можете запустить приложение на своем компьютере, просто связавшись с ним на странице HTML. Однако, если вам нужно передать данные, то это совсем другое дело, хотя это все еще просто.
Примером является то, что www.nexon.com делает со своей MMORPG, MapleStory. Вы входите на сайт, и веб-страница запускает игру после аутентификации. Другим примером могут служить магнитные ссылки на файлообменных сайтах.
Вам необходимо создать обработчик протокола, он может быть на любом языке, например C ++ / C #, и зарегистрировать его на компьютере клиента. Вот так - http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa767914(VS.85).aspx
Тогда, просто используйте протокол, который вы создали, для передачи любых необходимых данных. Вы можете добавить ссылку, по которой можно нажать, кнопку Response.Redirect () с сервера, что угодно.