Обычно это проблема только для проектов веб-сайта. Поскольку они включают все в vroot в «проект» (который на самом деле не существует), и если вы связываете этот vroot с контролем версий, то TFS говорит «эй, если это в проекте, то он должен быть в управлении версиями». В проектах веб-приложений такой проблемы нет.
Если это происходит, когда кто-то рекурсивно добавляет файлы, он должен выполнить «Очистку» сборки, удалить файлы .suo и csproj.user перед выполнением добавления.