Если вы откроете Source Control Explorer, а затем откроете диалоговое окно «Редактировать рабочие пространства», это позволит вам удалить существующее рабочее пространство и создать новое.
Когда вы создаете новый, вы можете явно выбрать, какие пути к серверам вы хотите сопоставить с каждым локальным путем. У вас должно быть только отображение для каталогов, которые вам действительно нужны.