Я думаю, что вы, вероятно, должны использовать svn export вместо svn checkout для развертываний, поэтому у вас нет этих .svn каталогов, которые запутывают ваши рабочие задания резервного копирования. svn export - это «чистая» проверка.
Я бы также создал сценарий, который обрабатывает все это для вас. В зависимости от структуры вашего кода вы часто можете создавать версии своих каталогов и просто обновлять символическую ссылку до последней версии, что облегчает откат.
Вы можете даже использовать что-то вроде Capistrano для автоматизации развертываний. Однако я рекомендую CruiseControl.