CRM 4 построен под .NET 2.0 / 3.0. Таким образом, единственный способ работать с .NET 4.0 и CRM 4.0 - это изолировать их в своем собственном процессе. CRM 5.0 будет использовать .NET 4.0, поэтому вы сможете использовать его со следующей версией CRM.
С некоторыми твиками вы сможете частично заставить его работать с .NET 4.0, но если он, например, CRM 3.0 и .NET 2.0, другие части сломаются без обходного пути.
Более подробную информацию можно найти в блоге Ascentium по адресу http://xrm.ascentium.com/blog/crm/Post834.aspx