Давай. Это тот же вопрос на самом деле. Ответ остается прежним:
Независимо от того, какая игра, будь то JS Flash или нативный двоичный файл, если система подсчета очков уязвима, люди будут вмешиваться, если игра достаточно хороша. Придерживайтесь умного сервера каждый раз.
Это не проблема, которая может быть решена путем запутывания на стороне клиента. Существует много предшествующего уровня техники, касающегося обеспечения безопасности таблиц рекордов / игровых данных. Обостри свой гугл-фу и посмотри.
Хотя заголовок этого поста предполагает, что он неприменим, я бы посчитал, что разница между браузерной / не браузерной игрой не имеет значения в этом отношении. Таким образом, посмотрите:
Безопасные онлайн-списки рекордов для не-веб-игр