Вы можете определить символ в командной строке , используя переключатель / D, например:
makensis /DMyInstallerName="myInstall-v4.1.2.3.exe" install.nsi
Тогда в вашем установочном скрипте:
!ifdef MyInstallerName
OutFile "${MyInstallerName}"
!else
OutFile "myInstall.exe"
!endif