Попробуйте включить «Игнорировать пробел» под окном: Предпочтения: Общие: Сравнить / Исправить.
Также избегайте выполнения Source: Format или Source: Cleanup перед выполнением сравнения.
Редактировать: также возможно экспортировать / импортировать настройки форматирования в затмении. Возможно, вы захотите спросить автора кода, не захотят ли они предоставить свои экспортированные настройки.