Обычно моя среда выравнивания настроена как
\begin{align}
\label{eqn1}
\lambda_i + \mu_i = 0 \\
\label{eqn2}
\mu_i \xi_i = 0 \\
\label{eqn3}
\lambda_i [y_i( w^T x_i + b) - 1 + \xi_i] = 0
\end{align}
Команда \ label должна быть помещена в строку, на которую вы хотите сослаться, размещение в строке не имеет значения.Я предпочитаю размещать его в начале строки (как своего рода описание), в то время как другие размещают их в конце.