У меня есть и плагин (со встроенным экземпляром maven), и полная загрузка maven. Оба должны в конечном итоге использовать один и тот же репозиторий, например, C:\Documents and Settings\user\.m2
.
В некоторых случаях вам нужна полная загрузка maven. Например, попытка создать плагин Groovy maven дает сбой встроенному maven, но прекрасно работает для полной загрузки.
Вы также можете указать в панели настроек в Eclipse, использовать инсталляцию, отличную от встроенной.
Надеюсь, это поможет.