ПРИМЕЧАНИЕ: Поскольку вопрос изначально не задавался для автоматизированного решения, я опубликовал это решение, которое требует, чтобы пользователь выбирал набор контрольных точек для каждого изображения,Хотя требования в вопросе были обновлены, я думаю, что этот ответ может быть полезен для всех, кто хочет зарегистрироваться в MATLAB, поэтому я оставляю его здесь ...
Неавтоматизированный подход:
То, о чем вы спрашиваете, известно как регистрация изображения , и у вас есть один вариант - использовать функцию CP2TFORM из Image Processing Toolbox .
На самом деле, в документации к этой функции есть очень хороший пример , который, похоже, решает ту же самую проблему, которую вы пытаетесь решить.