Я никогда не использовал Aptana, но в Eclipse (на котором основана Aptana), когда у вас есть рабочая копия проекта, извлеченная из SVN другим способом, чем через IDE (например, из командной строки svn), и вы:
- клик правой кнопкой мыши по проекту
- выберите Команда-> Поделиться проектом
IDE автоматически определяет, что проект является рабочей копией, и вам не нужно снова извлекать всю папку.
Надеюсь, это поможет.