Я думаю, что Eclipse работает намного лучше, если вы управляете только отдельными проектами в вашей системе контроля версий.
Вы можете опубликовать набор проектов, составляющих рабочее пространство, в виде файла набора проектов (XML-файл, который можно создать как Экспорт> Команда> Набор проектов), который вы можете поместить в свой репозиторий. Этот файл содержит расположение хранилища для всех проектов, чтобы их можно было извлечь сразу.