Все они казались хорошими кандидатами:
/etc/my.cnf
/etc/mysql/my.cnf
/var/lib/mysql/my.cnf
...
во многих случаях вы можете просто проверить список системных процессов, используя ps:
server ~ # ps ax | grep '[m]ysqld'
выход
10801 ? Ssl 0:27 /usr/sbin/mysqld --defaults-file=/etc/mysql/my.cnf --basedir=/usr --datadir=/var/lib/mysql --pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid --socket=/var/run/mysqld/mysqld.sock
Или
which mysqld
/usr/sbin/mysqld
Тогда
/usr/sbin/mysqld --verbose --help | grep -A 1 "Default options"
/etc/mysql/my.cnf ~/.my.cnf /usr/etc/my.cnf