Делайте то, что делает Марк Руссинович с инструментами Sysinternals: сохраняйте дополнительные исполняемые файлы в качестве ресурсов в основном EXE-файле и распаковывайте их при необходимости.
У ADS есть дополнительное преимущество: переносимость.Например, ADS не сохраняется при хранении на томах, отформатированных в FAT.
Этот метод действительно может быть полезен, если вы хотите распространять отдельные EXE-файлы, распаковывающие необходимые драйверы устройств или другие вспомогательные инструменты, когда это необходимо (-> Sysinternals).