Mercurial не хранит альтернативный поток данных.Кроме того, они, вероятно, будут перезаписаны при обновлении.
Я не думаю, что какая-либо из известных мне VCS с открытым исходным кодом справится с подобными вещами (даже разрешения обычно не обрабатываются).