Я не помню точную механику, но вы можете настроить свой установщик так, чтобы он загружал .NET Framework напрямую с Microsoft, а не с вашего собственного сайта, и только если он еще не установлен.
Кроме того, обратите внимание на таргетинг профиля клиента, который составляет «всего» 50 МБ (по-прежнему большой, но лучше, чем 350 МБ). Наконец, Windows Vista и Windows 7 поставляются с предустановленной платформой .NET, и Microsoft использует ее в некоторых своих собственных программах, поэтому проникновение в инфраструктуру на самом деле довольно высокое. В наши дни гораздо реже пользователю необходимо установить фреймворк вместе с вашим приложением, по крайней мере, если вы придерживаетесь 2.0 или 3.5.