Универсальное приложение должно содержать один двоичный файл, который работает как с iPad, так и с iPhone - вы не отправляете два двоичных файла.
Хотелось бы, чтобы был способ сделать это на самом деле, поскольку это упростило бы отправку отдельных версий приложения и оценку каждой из них по-разному ...