Lame действительно является стандартом де-факто для кодирования MP3, отчасти из-за его высокого качества (кодирование MP3 трудно сделать правильно ... и это субъективное искусство), отчасти из-за юридических вопросов (MP3 - запатентованная методика , AFAIK, поэтому вы получаете двоичные файлы Lame с ограниченного числа сайтов, большинство из которых находятся в странах, где эти правовые вопросы менее (или не) принудительно применяются.
Кажется, что проект LAMEOnJ, найденный VonC, использует несвободную реализацию JNI, но я полагаю, что вы можете сделать свое собственное связывание с JNI или даже JNA, особенно если вы нацелены на конкретную систему.