Я обнаружил проблему.CSS-файл, который я использую, был изначально создан в VS.Net 2008, но недавно был отредактирован в VS.Net 2010, в котором кодировка UTF-8 была изменена с подписью.Как только я изменил кодировку (используя File-> Advanced Save Options в VS.Net) на UTF-8 БЕЗ подписи, нижний колонтитул правильно отображался в сгенерированном PDF.
Видимо, Prince не может обрабатывать все CSS вфайл с неожиданной кодировкой (или, может быть, он не может обработать подпись UTF?).Короче говоря - если все выглядит кошерно, и вы собираетесь сойти с ума, проверьте кодировку файла.