Мне удалось это исправить, изменив порядок вызова session_start()
и оператора, который устанавливает cookie в Mage_Core_Model_Session_Abstract_Varien::start(..)
.Эти две строки теперь выглядят следующим образом:
$cookie->set(session_name(), $this->getSessionId());
session_start();
Теперь он создает только один файл cookie и, похоже, не имеет побочных эффектов.
Кстати: другой файл cookie не был созданв Zend_Session, как я и предполагал, но вместо этого оба они пришли из Mage_Core_Model_Session_Abstract_Varien::start(..)
.